上海交通大学自动化系隶属于上海交通大学电子信息与电气工程学院。它是一个由一流的控制科学和工程学科支持的实体。目前，拥有控制科学与工程博士学位、控制科学与工程博士后流动站、控制理论与控制工程、模式识别与智能系统两个国家重点学科。同时，也是上海优化控制软件工程技术研究中心的支持单位。主要研究兴趣包括复杂系统与控制理论、工业过程控制与优化、智能机器人、计算机集成制造、控制与网络技术集成、智能检测技术与设备、空航空航天信息处理与控制、智能交通与交通安全、生物识别与应用、图像处理与计算机视觉、燃料电池等。

自动化系积极开展国际交流，先后与美国、德国、英国、日本、新加坡、香港等国家和地区的多所知名大学进行了专家互访、人才联合培养和学术研讨，建立了广泛的国际合作渠道。近年来，国际著名公司，如松下电器、西门子、三菱电机、罗克韦尔自动化等。向该系捐赠了大量具有国际最新水平的仪器设备，并建立了相关的实验室或研究中心，为该系师生熟悉和掌握国际自动化技术和设备的最新发展提供了良好的条件，为学生的实验提供了良好的环境。

该系系主任李少远教授说:“我们将继续坚持我校的优良传统，更好地把教书育人与科学研究结合起来。”一方面，它为国家输送了一批专业理论扎实、工程实践能力突出的优秀毕业生；另一方面，它将整合我校和我系的知识资源，在一些高科技领域，特别是在具有应用前景的技术和理论领域取得突破和创新。抓住教育部“高校科技创新计划”和“高层次创新人才计划”的机遇，推动我部教学科研工作再上新台阶。”